内蒙古自治区交通运输管理局是内蒙古自治区交通运输厅所属的正处级事业单位，同时挂“自治区口岸交通运输管理局”和“自治区地方海事局”牌子，为全区道路、水路运输和地方海事管理机构 。该局负责全区道路、水路运输和地方海事管理及执法监督，以及相关规划、建设、安全监督等工作 。
该局内设12个科室，事业编制59人，办公地址位于呼和浩特市赛罕区地质局南街68号 。作为公益一类事业单位，其经费源自成品油税费改革中央转移支付资金 。2021年5月，该局因疫情防控贡献获评“全区抗击新冠肺炎疫情先进集体” 。
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