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这俩从题主你想的方向或许不大能算类似的东西，不好对比。就姑且单从深度的角度说，我认为应该是不大能，也暂不必要，不过也确实尚可。
三体本身就属于偏社科的科幻小说范畴，而崩坏系列甚至都并非由一个完成品发源而来，而是游戏剧情本体就是原生的文学性成品。前者较之后者本身从性质类型上就自然的更具有以某种思想的表达为核心目的的特性。崩坏系列虽说具有了一定的文学性和不错的戏剧性，但其当下目标显然并不是去干这个的，或者还没到准备全面干这个的时候和充分准备好的emmmmm…担当？虽然说任何一个作品要想登峰造极必然应当是有思想深度的，但有思想深度的代价就是准入门槛高，这显然违背了崩坏系列目前暂时占主要的游戏娱乐属性和商业目的。它确实可以往这个方向发力（并且看起来mihoyo的最终夙愿也确实是接近这个方向），但这是一个——也确实应该是一个——循序渐进的过程。
并且一个作品能达到的深度水平上限关键取决于其创作者思想水平和其创作思路，这点上确实不得不承认崩坏系列较难比拟三体。但同样的，你如果问的是有没有这方面的潜力，崩坏系列的故事表现出来它确实是个好苗子，但仍然基于作者。
崩坏系列剧情的思想表达深度上的巅峰目前为止毫无疑问的是在帆船dalao的小说里，并且第二部《幽兰黛尔》要更甚，且也恰好是开始着力于社科和思辨性的内容，不过从帆船dalao目前写的内容上仍然能看出来，目前其内容表达上还是更接近“思辨科普”式的/“科普般的”写作目的（当然也逐渐开始放出了一些真材实料，不过真的硬核，有点超纲了2333不愧是帆船dalao），在保持文学性的前提下，尽量试图将思辨的内容写的能让大家看懂。
而崩二这边则一直是熟悉的灵依娘的风格和以人性情感与绝对理智两者对立为核心的创作思想（其实这个挺老套的hhhh不过灵依娘人物刻画强就是能为所欲为.jpg）。但除了最亮眼的优秀戏剧性以外，你要问思想深度，其实也不是没有，只是相对戏剧性的突出而言较为弱势。而且有一说一，可能崩二这边大多是采取的以一个经典桥段为基础来套用复写的策略，其有不少地方和三体的一些剧情有类似的风格。比如Avalon的设定，世界轮回实验的设定（好像不久前有个片子叫庆余年来的？.jpg），还有诸如艾拉虫后剧情那样的，尽管崩坏系列不是以注重意义性内核为主而是以故事性叙述为重的作品，但上述这些都是有放到同类（ACG）作品里不错甚至是罕见亮眼的设定水准的想法表达（而且还别说，真都更多采取的是科幻向设定转意义升华，较其他类似的游戏那种直接纯意义性表达还真更接近三体这种路子，且其它的游戏或作品真正是本质上从科幻向思想设定入手的也确实并不多）。
综上所述，崩坏系列的思想深度虽然未必能够和如《三体》这类或者其它类型的本来就是专攻思想表达的作品比，但就其同类作品而言，哪怕思想深度并不是崩坏系列目前的着重点，它也仍然还是绝对够格的，且也属实有很优秀的已展现出来的相关内容和未来潜力与发展倾向，至于最终上限能达到哪儿，那得等到时候才知道了hhhh
