动画的故事得先从我们的男主秋山奏说起，他因为父母双亡一直寄宿在青梅竹马佐佐木佳织的家中。长期以来，男主和佳织的关系都比较不错，在学校里，他俩也经常被同学们调侃为夫妻。
同时，他俩还是该校天文部的部员，该部里还有三位成员，分别是部长支仓爱理、学姐华宫凪沙以及好基友英太郎。他们五个人在天文部每天的活动，基本上就是聊聊天，或者去户外看星星，或者帮助学生会处理该校的一些纠纷。
平日里，另外三位部员还时不时撮合男主和其青梅竹马佳织，因为他们都明白佳织喜欢男主，但男主非常迟钝，一直意识不到佳织的心意和周围人的助攻，反倒因为男主经常和部长爱理打打闹闹，使得佳织在旁有点吃醋。
以至于在某天，佳织还和男主闹起了小脾气，对此爱理似乎明白了什么。于是在第二天，她就向佳织强调男主也是喜欢你的，只是羞于表达罢了。其实爱理也是喜欢男主的，但为了不让佳织伤心，从不表露。
而就在当天，天文部接到任务需要去调解空手道社的纠纷，过程中，对方突然动手把佳织推倒，导致脚被扭伤。事后，男主很是担心，便非常体贴的呵护佳织，反观佳织还是有点闹别扭。
直到某晚，天文部一起去看星星时，另外三位部员故意走开，以便让男主和佳织独处，得益于这次助攻，他俩的关系也得到了缓和。可就在第二天，因为爱理比较活泼，悄悄询问男主昨晚独处的还顺利吧。这本来没什么，但又让佳织有点多想了。
于是在当天下午，佳织就在深思熟虑后突然向男主告白。这搞得男主一时间没有缓过神来，以至于他虽然没有拒绝，但也没有给明确答复。对此，佳织微微一笑说道不用着急，你可以以后再回复我，说完佳织就先行回家。
在回家路上，佳织书包上的小熊掉了，这是男主曾经送给佳织的，于是佳织便弯腰去捡，但因为之前的脚扭伤还没好摔倒在地，可万万没想到祸不单行。与此同时，一辆公交车突然失控撞向佳织。
事后，佳织被送往医院抢救，虽然命保住了，但成为了植物人。对此，所有人都伤心不已，但他们都没有放弃，为了让佳织苏醒男主开始学医，其他人则是进行各方面研究，但很多年过去了，佳织依旧没有苏醒。
对此，男主意识到，目前靠医学是救不了佳织的，于是在部长爱理、学姐凪沙、好基友英太郎以及佳织母亲的帮助下，男主制造了一个人造人小唯，并对她进行各种训练。为的就是通过一个神秘盒子将小唯传送到佳织出车祸之前，然后让小唯阻止车祸发生。至此，从开篇到现在发生的一切所在的世界，为方便小伙伴理解，大白定义为“初始世界”。
