因为这两条高铁线路完全相互独立。
沪宁城际铁路和沪宁沿江高铁（苏南沿江城际）是两条相互独立的高铁，只有首尾两端可以实现相互贯通，上海站通过京沪转沪苏通到太仓经联络线转入沪宁沿江高铁（苏南沿江城际铁路），或者直接经由沪宁城际铁路运行。南京南站宁安场东咽喉区沪宁沿江高铁与仙宁联络线以线路别方式接入，通过道岔可实现互联互通。
这里借用一下 @安礼先生 绘制的南京南站及沪宁沿江高铁（苏南沿江城际）引入上海枢纽示意图：
而对于沪宁城际铁路和苏南沿江高铁而言，尽管起始站点可能相同（这里将南京南宁安场—仙宁联络—沪宁城际线—上海站看做整体，南京南宁安场—沪宁沿江高铁（苏南沿江城际）—太仓站—陆渡线路所—沪苏通铁路—安亭西站—安亭站—黄渡站—京沪线—上海站亦同），然而由于沪宁城际和沪宁沿江高铁的设计时速均为350公里，采用无砟线路（修联络线要砸无砟轨道板），线路走向高度平行，且主要服务于城际客流，在沪宁城际戚墅堰站附近的交叉处修建联络线并不现实，规划中也没有提供（修建联络线）的条件。
至于无锡苏州想去南京南更快，目前京沪高铁途经无锡苏州两市的无锡东、苏州北两站应该可以满足题主的要求。
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