这个问题有趣：）我来解释下吧。
一切真是莫大的误会啊。
首先，题主亲，我们对《桃花源记》的理解，或是陶渊明的「美好境界」的理解，是不是有点差异？
似乎很多人认为《桃花源记》的描述，是出于清高、隐逸这样的初衷。但我却觉得它反而是陶渊明心中的俗世向往——管你外面发生了什么，我有我的滋味，我躲在花丛深处过我幸福美满的小日子，农妇山泉有点田。
而在陶渊明生活的那个年代，如果要找一种花来与「良辰美景」「幸福美满」相譬喻，是没有谁能超越桃花的地位的。
是啦。如今大家都容易觉得桃花「风流」「艳俗」「轻佻」，但要知道，在那时候，桃花的形象完全不是这样的。它象征的是幸福、美满、平安、吉祥、长寿。
前面有同学已经提到了《诗经》中的「桃之夭夭，灼灼其华」。除此之外，还有《召南》的「何彼秾矣，有若桃李」，《史记》的「桃李不言，下自成蹊」。
驱鬼辟邪，要用桃木符。
寿星手里拄着的也是桃木杖。
春来繁花满枝，花落了又有甜美果实。凡世里最好的一辈子，也不过是如此吧。
（顺便说一句，桃花被和「红颜祸水」「风流成性」联系在一起，是宋朝程朱理学之后才闹出来的。）
然后，关于菊花，这个因果顺序好像也有点不对呢。
并不是因为先有「菊花=隐士」这样的意象，才有「陶渊明归隐种菊花」，以及「需要找一种花，搭配着写一个隐居故事」的。而是因为「陶渊明隐居，与菊花相伴」，后来陶渊明出名了，后世才确立了「菊花=隐士」这一概念。
而且这个行为跟《桃花源记》从头到尾就没太多关系。
先秦两汉时期，菊花的形象主要还停留在「时令风物」的层面，几乎从未与「清高」「隐逸」这样的意象联系在一起。不信大可看看当时的文献，大部分都是「季秋之月，鞠（菊）始黄华」或「朝饮木兰之坠露，夕餐秋菊之落英」这样的平铺直叙。
是到了魏晋之后，才慢慢开始流行菊花。
因为菊花气味清冽，所以不与群芳同列；生于郊野，所以无拘无束；开于晚秋，花后无果，所以无牵挂于世俗羁绊。
在当时追求「羽化登仙」的文化背景下，名士们相信服食菊花和其他许多丹药一样，可以轻身、延年，甚至成仙。
（顺便说一句，钟会就是和姜维共事，据说还参与策划了嵇康之死的那个名将钟会；至于魏文帝大家就更熟悉了——你知道曹操有个儿子叫曹丕吗？）
So，对于当时人来说，菊花和桃花其实存在两个本质区别——
1. 桃花=富有历史积淀的传统文化代表；菊花=新兴文化流行风尚。
2. 桃花=幸福美满的理想生活；菊花=了无牵挂的神仙作风。
你说如果是你，要写一个关于前朝人的、美满生活的、乌托邦式的理想主义社会，你选菊花还是桃花？
最后也是最重要的，让我们来讨论下「陶渊明喜欢菊花」这个命题。。。
不好意思，其实就目前看来，我真觉得陶渊明先生喜欢菊花并不是他的主动选择。。。
而是某种程度上的苦中作乐。。。
一个因为看破仕途、心灰意冷而隐居的人，种啥啥不活，一家人肚子都填不饱。你相信他在这种情况下种各种菊花来玩（何况那年头能种的菊花品种真没多少）？反正我是不信的。
至于「陶渊明咏菊之诗」，更是个美好的误会。
陶先生写菊花的诗，和后来的诗人相比实在不算多。且大部分都只是「提及」菊花而已，并没有特别用情至深的描述。之所以「广为流传」「脍炙人口」，是因为之前从未有过的田园山水之气；而不是因为「菊」的存在。
说穿了，这只是因为在清贫得食不果腹的日子里，惟有的美好也只剩下菊和酒了。菊成为天地自然精华的折射，酒成为众人皆醉唯君独醒的手段。
若是鲜衣怒马时，陶渊明未必会选择菊。当然，那样的陶渊明，也就不是我们会记得的陶渊明了。
与菊花患难与共的日子，虽然别无选择，但也能让它流芳千古。这倒真是陶渊明的境界造化。
和《桃花源记》都只是他的精神折射，并没有什么非此即彼的执念，菊与桃，无非都是他的某种寄托罢了。
P.S. 那时候菊花的观赏资源不要太少。别看曹丕和钟会用了一堆形容词，实际上大部分都还是甘菊或野菊，后者也就是南京人口中的「菊花脑」（此处应有抠鼻孔表情）。
我们现在看到五颜六色、华丽丰满的菊花，大部分都是在唐朝之后才逐渐培育出来的。
所以从视觉效果而言。。。
你们懂的。
