可以，但DNA和RNA对二者的亲和能力不同，如果分开使用，无法很好的区分两种遗传物质。
当甲基绿与吡罗红作为混合染料使用时，甲基绿与染色质中DNA选择性结合显示绿色或蓝色；吡罗红与核仁、细胞质中的RNA选择性结合显示红色。
这两种染料在混合染液中有竞争作用，两种核酸分子都是多聚体，只是聚合程度不同。甲基绿易与聚合程度高的DNA结合呈现绿色，而吡罗红则与聚合程度较低的RNA结合呈现红色（但解聚的DNA也能和吡罗红结合呈现红色）。
即RNA对吡罗红亲和力大，被染成红色，而DNA对甲基绿亲和力大，被染成绿色。用甲基绿、吡罗红的混合染色剂将细胞染色，可同时显示DNA和RNA在细胞中的分布。
