对上面两位的回答不敢苟同。
ISO9001:2008版标准对文件的形式没有任何要求，完全取决于企业的规模和管理方式。质量体系文件可以只有一个质量手册（很多小企业都是这种形式），也可以有上百个三级文件，不同的企业，文件的形式可能都不太一样。
ISO9001:2008版标准只对文件的内容有要求，不管你有多少文件，也不管你的文件体系是金字塔式还是循环式，文件的内容必须包含标准的所有条款，也就是对标准的条款要求有具体的执行规定，要有负责条款的部门和人，要有实现条款的具体工作流程和规定，要有对这些条款实现过程的评价和改进，等等。
所谓6个必须文件，是因为ISO9001标准里有6处出现了类似这样的话：“应编制形成文件的程序，以规定以下方面所需的控制：”。国内的专家们一看见这句话，就认为应该有一个文件专门管这个条款，于是就有了1+6的质量管理体系，1是质量手册，6是6个所谓必须的程序文件。这种模式在94版和2000版的时候几乎是必须的，没有就通不过文件审核。但是在2008版标准发布的时候，ISO组织的说明里提到了文件的形式问题，声明无意同一文件的形式，只要求文件的内容应覆盖标准。
下面是回答提问者的正题。
ISO9001标准里对文件管理的规定是很简洁的，共有7条，5个关键词，三个基本要求：
1、批准：文件发布前要获得批准，文件修改和更新前要获得批准。
2、识别：文件要有修订状态识别，例如国家标准后面都带年号：GB 7258-2012，这样我们就知道GB 7258-2004已经作废。年号是一种识别方式，另外也可以是版本号。
3、获得：要保证使用文件的人获得有效版本，就是文件发放、旧文件回收等程序。
4、外来文件：要识别企业都是用哪些外来文件，比如企业的产品适用哪些国家标准，这些外来文件要控制分发。
5、作废文件：作废文件要有识别，让人知道它是作废的。
三个基本要求是：批准，识别，获得（发放）。
题主目前要做的工作是，把所有文件都收集起来，分类，合并。比如文件管理程序按批准、识别、发放的原则，将其内容合并成一个。但是这样做的过程中问题就出现了，如果仅仅是文件管理程序还好说，其他的制度就比较麻烦了，因为题主只是一个刚参加工作的学生，没有工作经验，也不可能对所有流程都了解，经常会遇到同类文件好多个不知道该怎么合并的问题。
要解决这个困难，建议这样做：先规定部门的职责，然后由职责部门自己编制文件，采购部编制采购文件，设计部编制设计控制文件等等，再收集上来统一格式，比如配上统一的封面，加上统一的文件编号和版本号，用统一的字体。这样的好处是不需要专业能力，只需要组织能力。组织的不管好不好，至少文件看上去都挺整齐，组织好的话，文件内容有可操作性；组织的不好，文件就比较空泛，那也没关系，先有个大概的标准，以后再慢慢修订也不是不可以。
