不涉及某个具体的学校，毕竟各有所长，只是以自己了解到的一些情况简单介绍一下。
1，世界史方面——南开各个方向都挺强的，比较出名的是他们的拜占庭学和日本史（日本研究院），有陈志强和杨栋梁。东北师大在古典文明学和东亚史方向很厉害，古典学有古典所的存在，得益于林志纯先生，目前有王晋新老师，张强老师，李晓东老师，东亚史则是韩东育带起来的，另外美国所的梁茂信老师也很厉害。首师大因为徐蓝老师在，所以他们的二战史不错。华东师大沈志华和杨奎松做的冷战史。
2，明清经济史方面——中山，厦大，武大以及云大都比较强。中山有黄国信，吴滔，温春来等人在，他们不但明清经济史厉害，整个明清史都很厉害。厦大是傅衣凌先生搞起来的。武大不太熟悉。云大是林文勋在做经济史，毕竟是学校党委书记。
3，中国近现代史方面——华中师大章开沅一派首屈一指，桑兵、马敏、彭南生等都是章门弟子。四川大学的罗志田，陈廷湘，何一民，杨天宏以及出去了的王笛，王东杰等人，他们在中国近现代史研究上不能忽略。华东师大是陈旭麓做起来的，最出名的学生就是茅海建，不过现在华东师大的中国近现代史更喜欢和冷战史联系起来。湖南师大的近现代史也不错。
4，中国思想史方面——湖南大学岳麓书院是做思想史（哲学）起家的，朱汉民、肖永明、陈松长等人，在经学，子学，四库学，宗教学等方面很有成就，另外他们的书院学也不错。中国人民大学国学院和岳麓有点相似，黄扑民，王子今等人很厉害。山东大学的思想史一直是他们的擅长，尤其是先秦秦汉方面，毕竟孔孟之乡，文史哲重镇。
5，城市史方面——四川大学有中国城市史研究中心，何一民做的，王笛就是从这里出去的。厦门大学王旭做的美国城市史研究，不过他好像退休了。重庆大学人文社科高等研究院这几年也在大力发展城市史研究，不过基础不太好。
6，历史地理学方面——复旦（谭其骧），北大（侯仁之）和陕师大（史念海）三个重镇。现在依旧很厉害。我对此不好多言。
7，科技史方面——科技史是理学下的分支，但和历史学联系密切。中科院自然科学史研究所、中科院大学人文学院、中国科技大学人文与社会科学学院各个方向的科技史都很强，名家很多，刘钝，廖育群，韩建平，方晓阳等。上海交大，内蒙古师范大学，山西大学也有专门的科技史研究机构，他们的涉及面也比较广。其他，北京大学专长在医学史，清华大学在科技哲学（思想史），西北大学和天津师范大学在数学史，南京农业大学在农学史，北京科技大学在冶炼铸造史，哈尔滨工业大学在工科史，东华大学在纺织史以及等等。
8，宗教史方面——其实更应该叫做宗教学。最主要的是研究道教史的四川大学道教与宗教文化研究所，詹石窗，盖建民等人的研究不错。中央民族大学的宗教学也不错。
9，医疗社会史方面——南开大学中国社会史研究中心，余新忠等人。陕西师范大学李化成。南京大学胡成、闵凡祥。上海大学张勇安。复旦大学高晞。华中师大冯玉荣。上海交大刘士永等等。
10，海洋史方面——厦大，中山，上海交大等这几年兴起来的新学科方向。
嗯，看了上面的回答会发现，提及北大，清华，复旦，浙大等校的很少，毕竟人家啥都好（也不尽然），害，反正我一个学渣我也不太了解这样的高等学府。
