二代测序与一代测序相比，在很多方面都有显著的不同。以下是几个关键的区别：
1）并行处理能力高：二代测序能同时对成千上万个DNA片段进行测序，极大提高了测序的通量和速度。
2）成本低：由于高通量的特点，二代测序的成本要远低于一代测序，现已达到千元基因组时代。
3）读长较短：一代测序的赌场可达上千碱基，二代测序的赌场较短，目前比较普遍的有100、150、300等短读长测序。
4）、准确性略低：一代测序目前还是测序行业的金标准，二代测序测序的准确率也在不断提高，不断接近一代测序。
5）由于通量高，二代测序对一些低频变异的检测更加敏感
