朵颜三卫的事不清楚。按我有限的了解，明初即已叛回蒙古，所谓宁王统领应该是有名无实。成祖靖难，得其襄助颇多，所以后来的关系尚可。但也叛服不常，以至五征大漠，宣宗亦频繁对其用兵，宣宗末才算嘴上服了。这部分到明末的时候早已失去明初的建制，而是按草原习俗分为三十六个部落，明人称之为朵颜三十六家。
锦衣卫是太祖旧制，掌侦缉、仪仗等事。神机营是三大营之一，成祖所创，因征交趾得飞枪流矢而名。注意，这只是最初神机这个名字的由来而已，其后更迭不常，由三大营而变为十二团营，再由十二团营并回三大营，其明末时的神机营实为旧五军营。锦衣卫与神机营有一个重要区别是，锦衣卫是皇帝亲军，由皇帝亲自统率，锦衣卫的最高长官锦衣卫指挥使亲自向皇帝汇报工作。神机营隶于戎政府，归总协二臣统领。神机营确实营如其名，以火器为主；而锦衣卫也确实如影视剧里的描写那样，有点类似于我们今天国安局的角色。
不过今天的文学作品夸张了很多，比如流传甚广的绣春刀，以为是锦衣卫人手一把，其实只是堂上官才有资格佩戴，而且很小巧，并不是东洋大刀那个样子。明朝有一个福利，就是凡是为国捐躯的文臣，其子孙后代世袭锦衣卫官，积年累月下来，这些锦衣卫中有大量的忠臣后裔，而皇帝对其也特别关照，所以按理讲这支队伍应该是铁杆保皇派。但到了崇祯朝不知怎么回事就没起那么大作用，其实崇祯也是蛮偏向锦衣卫的，具体原因就不得而知了。
