最主要的区别，朱子讲“性即理”，阳明讲“心即理”，二人根本观点不同。
所谓理，就是世界背后，决定世界之所以为世界的那个所以然之法则。这形而上法则（理）灌注于形而下质料（气），创造出质实可感的现象世界。这理灌注于人，就成了人之所以为人的那个本质规定性，就是人之理，也即人之性。所谓“天命之谓性”，故朱子云“性即理”。至于心，则是气之精爽，仍是形而下者，是人一身之气最灵明部分的凝萃，能知觉、主宰，同时是天所灌注之性所居的容器，“心具众理”。
阳明则直说“心即理”。人身（气）承载着人性（理），人心（气之精）能知人性，是朱王共认的。但王阳明从纯粹主观角度言，认为苟无人心，则天地间并无所谓理，因为没有人能认识它，更别说实现它。因此天地之理，全然承载于人心，离却人心之认识、实现，则所谓理也只是一段虚空。所谓“我思故我在”，我不认识的，于我便不存在。故而阳明言未见此花，同归于寂，言“我的灵明（心），便是天地鬼神的主宰”，“天地鬼神万物离却我的灵明，便没有天地鬼神万物了”。即此而言，可谓“心即理”。
总之，理学认为形而下之心（气之精）能体认形而上之性（理），客观为二；心学认为，离却我心，外在无所谓理，主观归一。譬若暗夜无烛，虽有万象，无法显现，也是虚空而已，于我而言，并不存在。于我而言存在的理，端赖我的心，有心就有理（有烛就有象），无心就无理，心也就是理。
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