谢谢邀请。题主的问题答案其实很简单--气候变化
题主提到的这些古老文明涉及的时间大约在公元前8000年以来，所以这就和学术中研究的“African Humid Period” 或者“the early Holocene humid optimum” 时期。关于这些问题的研究已经比较多了，各种科学文献及科学新闻报道也是不胜枚举。请自行google。下面我主要展示2006年《science》上的一篇文章，这篇文章主要是对150个考古发掘进行了放射性定年，并恢复出了古气候带的时间演化序列。从文章中我们可以看到该区域在公元前8500年从以前的极度干旱转入潮湿-湿润，从公元前5300年又转入干旱的过程。这一过程的激发因素就是非洲季风降雨的进退。
下面主要说一下这篇文章的结论：(图片来自原文，文字是我简单翻译的)
《Climate-Controlled Holocene Occupation in the Sahara: Motor of Africa's Evolution》By Rudolph Kuper, Stefan Kröpelin
Science11 Aug 2006 : 803-807
文章的链接：
文章研究的区域主要是红海以西的北非地区，作者对考古挖掘进行了放射性定年得出下面的结果：
上图就是公元前9000年以来人类居住地随时间的变化，图中的横坐标从左向右时间变新，左边第一列是居住地的地名按照从北向南的空间顺序排布，图中的牛羊等代表的是和人类紧密相关的牲畜。从左向右很明显可以观察到人类的居住地逐渐南迁，这说明人类赖以生存的环境逐渐向南收缩。
作者根据一些科学指标恢复出的古气候及人类的活动图如下：（绿色的深浅代表了年均降水的多少，绿色越深降水越多，红色点代表人类居住的地点）
A、公元前21000–公元前8500年，尼罗河流域之外的撒哈拉沙漠，甚至比现今向南延伸约400公里的范围内都是不宜人居住的地方。
B、在约公元前8500年季风降雨突然出现，超级干旱的沙漠被稀树草原型的环境替代，很快就有了史前人类居住。在早全新世湿适期（the early Holocene humid optimum），撒哈拉南部及尼罗河流域，由于太过潮湿并不适宜人居。
C、在公元前7000年之后，在整个东撒哈拉地区人类就建立了比较好的居住环境，畜牧业得到了发展。
D、在公元前5300年，季风降雨的退出导致了埃及撒哈拉的干旱。史前人类被迫进入尼罗河流域或者其他生态岛，或进入降雨和地表水相对充沛的苏丹撒哈拉地区。埃及彻底进入全沙漠的时间在公元前3500年，这与尼罗河流域法老文明的开始时间一致。
E、在公元前3500-公元前1500年，人类在尼罗河流域和绿洲之外的活动主要限制在了沙漠口岸、前哨或者那些临时有近地表地下水出露的地方。
F、气候控制下的东撒哈拉干旱程度至今达到极致，人口主要都居住在了尼罗河流域、绿洲及撒哈拉以南的非洲。
题主可能要问，那是什么原因导致非洲季风的进入与退出的？这个问题估计没有人可以回答得了。地质上的问题由于其不可验证性，基本上都是存在着争议，没有人能搞得清楚，这个也不例外。对于非洲的这段湿润期，有一种认识是：地球轨道尺度上的变化（可以搜一下米兰科维奇旋回）导致了北非日照的加强，使得夏季北非陆地与海洋形成了较强的气压差，产生了明显的海陆风，也就是季风作用加强，海洋的水汽进入北非大陆，形成了湿润的气候。季风降雨的退出自然也可以用这种地球轨道尺度上的变化来解释。很显然上面的这些变化都是一种渐变的过程，也有研究者认为非洲湿润及干旱的变化是突变的，不能用上述的线性反馈机制来解释，而要考虑植被反射率等等复杂的因素，这里也就不再赘述了。感兴趣可以参考下面的几篇文献。
Climate-Driven Ecosystem Succession in the Sahara: The Past 6000 Years
Abrupt onset and termination of the African Humid Period:: rapid climate responses to gradual insolation forcing
The Influence of Vegetation-Atmosphere-Ocean Interaction on Climate During the Mid-Holocene
Response of the African Monsoon to Orbital Forcing and Ocean Feedbacks in the Middle Holocene
重申一下：上述回答中的图片来自原文：《Climate-Controlled Holocene Occupation in the Sahara: Motor of Africa's Evolution》By Rudolph Kuper, Stefan Kröpelin
Science11 Aug 2006 : 803-807
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