开宗明义说结论：1. 题目预设不对，甚至说充满恶意。2. 两派殊途同归，可以说各有千秋。
问的问题预设了“韩礼德的系统功能语言学派是恶心的”，这并不严谨，因为这个预设是一个带有偏见的generic sentence（这个词是功能派的用词）。然而，事实是没有哪个学派是恶心的，说恶心，是不是因为我们还没有理解透彻？有很多人都是没读过韩礼德的书就开始跟风骂街，可能对你形成了误导，不知道你现在想法有没有变化？
语言学研究需要遵从科学研究的原则（系统性，经济性，穷尽性，一致性，客观性），这是根本。不管是韩派还是乔派（我个人并不认为用“派”这个词是对的，但是这样好像更明白一些），出发点都是将语言当作一门科学来研究。索绪尔的《普通语言学教程》中有有两个概念，后来叫做system和structure。system是对语言深层系统的研究，韩派基本上走的是这个路子，所以学习时会看到很多语言的穷尽性系统；structure是对语言组合的研究，乔派走的是这个方向。乔老爷子从S=NP+VP出发，将不同的句法看成是生成+转换的结果（当然，乔老爷子自己的想法都在变化，这个归类只是大概），是对结构的探讨和研究。
韩礼德的系统功能语言学主要代表作是他自己的书，其他答主有提到，不再赘述，有兴趣可以拿来一看。如果觉得复杂，可以看Geoff Thompson的Introducing Functional Grammar，外研社有引进本。具体读时，建议和国内的介绍性书籍对照着看，这样理解更深更快一些。系统功能语法的适用性，在语篇分析中非常强大；目前很火的多模态分析也是系统功能语言学的底子。乔老爷子的著作汗牛充栋，他的语言学著作（是的，他还有政治评论作品）中，对语言的描述能够很好用到计算机语言编码中，因此，当前很火的自然语言处理用到了他（以及他的successors）的研究成果，所以很多人都觉得他牛。因此，出现唱衰系统功能语法的情况，更多是从使用角度来看。另一个原因可能是很多人觉得，系统功能语法只有大陆在搞，这说明不是世界上的主流。这个我持保留态度。首先，研究不是蹭热度，没有主流不主流之分。主流与否不应该成为语言学研究的衡量标准。其次，从地域上看，不管是欧洲，美洲，还是澳洲，功能角度研究语言的不在少数。以美国为例，Fawcett就是从功能语法角度研究语言；Givon(1993)的两卷English Grammar: A Function-based Introduction就是很好的研究成果。
学术研究需要旁征博引，多读书多积累，引用刘润清老爷爷常说的话“读经典，make our brain more complex, 然后才能想出一些新的ideas”(大意如此)。韩老爷子和乔老爷子都是大牛，都是我们应该学习的对象。真的读了后可能会发现，两人思想其实并不是水火不容（我还没读完，已有这种感觉）。说这么多，期待更多讨论~
